Najdôležitejšou a najťažšie zvládnuteľnou úlohou bolo odvedenie splaškových vôd z blízkosti bytov. Kanalizácia mesta Komárna, obdobne ako vo všetkých mestách v blízkosti riek sa budovala jednotná, t. j. spoločná pre dažďové a splaškové vody. Odkanalizovanie mesta sa zrýchlilo od roku 1894, keď z dvoch ulíc sa vybudovala už kanalizácia vyhovujúcich parametrov, čo do profilu a spádu. Prvá betónová stoka je z roku 1894. Predtým sa budovali stoky obdĺžnikového profilu z kamenných platní. Na zachytenie a odvedenie splaškových a dažďových vôd vyúsťujúcich z jednotlivých ulíc sa vybudoval hlavný zberač pozdĺž Dunaja v roku 1897. Ulice Mederčská, Kúpeľná, Nová a Rybárska boli odkanalizované v roku 1902 a stoky boli prepojené do hlavného kanalizačného zberača. Ďalšie boli ulice Citrónová, Hradná, Palatínová a Mostná a tiež Kossúthovo námestie. Hlavný zberač mal dĺžku 1 338,3 m s priemerom pri vyústení 130/195 cm vybudovanej z betónu a s dostatočným spádom. Na požiadanie mesta vláda rozhodla o predĺžení zberača s jeho vyústením až za hranicami mesta. V roku 1911 vyrobili plynové motory RÖCK, za pomoci ktorých čerpadlá typu Ganz o výkone 60 Hp prečerpávali vody pri vyšších stavoch hladiny Dunaja a to až do dobudovania novej čerpacej stanice v roku 1974. Po dobudovaní vodovodu sa hodnota kanalizácie ešte zvýšila, lebo počas dlhodobých bezdažďových období bolo možné kanalizáciu preplachovať.

Pravobrežná časť mesta sa delila na 27 menších okrskov s celkovou rozlohou 160 ha. Pri odkanalizovaní centra sa uvažovalo s odvedením 8 l/s/ha dažďových vôd, v ostatných častiach veľa dažďových vôd vsiaklo do piesčitej pôdy. Hlavný zberač vajcovitého tvaru profilu 120/180 cm má kapacitu 1 284 l/s, ostatné stoky boli profilu 30/45 až po 90/135 cm. Prevažná časť kanalizačnej siete bola uložená v hĺbke 2,5 – 3,0 m, výnimočne sú plytšie ako 2 m a hlbšie ako 4,0 metre. Na výstavbu stôk, revíznych a preplachovacích šachiet a dažďových vpustov bol použitý portlandský cement. Takto bolo dobudovaná kanalizácia v pravobrežnej časti mesta začiatkom roku 1910. Pri vyšších stavoch Dunaja priame vypúšťanie vôd nebolo možné, preto sa postavili prečerpávacie stanice. Vyústenie kanalizácie sa stanovilo 520 m pod továrňou hodvábu.